Qədim tarixə və mədəniyyətə sahib Azərbaycan xalqı dünyanın ən dəhşətli soyqırımlara məruz qalmış xalqlarındandır. Cənubi Qafqaza köçürüldükdən sonra imperialist dairələrin dəstəyindən məharətlə istifadə edərək regionda mökəmlənmiş ermənilər XX əsrin ilk illərindən başlayaraq müəyyən fasilələrlə azərbaycanlılara qarşı soyqırım aktları törətmişlər. Azərbaycanın əksər bölgələrində həyata keçirilən qətliamlar Rusiyada çarizmin devrilməsindən sonra daha da genişləndirilmiş və Naxçıvanı da əhatə etmişdir.
S.Şaumyanın vasitəçiliyi ilə sovet Rusiyasının himayə və yardımına nail olmuş ermənilər, xüsusilə də Andronikin silahlı quldur dəstəsi 1918-ci ilin iyun-avqust aylarında Naxçıvan mahalının dinc türk-müsəlman əhalisinə heç bir çərçivəyə sığmayan vəhşiliklə divan tutmuşdur. İşğalçılara ciddi müqavimət göstərmiş Yaycı (Culfa r-nu) kəndinin əhalisinə divan tutulmuş, kənd viran qoyulmuşdur. Culfa rayonu ərazisində Araz çayı üzərindəki körpü yandırılmış və Ordubadda 2000 türk-müsəlman əhali qətlə yetirilmişdir.
Qadınlara, uşaqlara və qocalara rəhm edilməmiş, əli yalın insanların kürəyinə qaynar samovar bağlanmış, hamilə qadınların qarınları yırtılmış və başqa insanlığa sığmayan işgəncələr verilmişdir. Bu vəhşətdən qaçmağa çalışan 300-ə qədər dinc sakin Araz çayını keçərkən boğulmuşdur.
Digər bir erməni silahlı dəstəsi 1918-ci ildə “Yapon” ləqəbli quldurun başçılığı ilə Naxçıvan şəhərindən 40 km şimalda yerləşən Almalı yaşayış məntəqəsinin əhalisini qıraraq, öz tarixi yurdlarından didərgin salmışdır. Təxminən 200 kişi öldürülmüş, xeyli gənc qadın əsir aparılmışdır. Osmanlı ordu hissələrinin Kazım Qarabəkir paşanın komandanlığı ilə Naxçıvan bölgəsinə gəlişi mahalın əhalisini daha irimiqyaslı qırğınlardan xilas etmişdir.
1919-cu ilin əvvəlində erməni polkovniki Doluxanovun başçılıq etdiyi silahlı qüvvələr Şərur-Sədərək ərazilərində onları duz-çörəklə qarşılayan dinc əhaliyə qarşı zorakılıqlar törətmişdir. Müsəlmanlar yaşayan 8 kənd mühasirəyə alınmış, Dəmirçi kəndi dağıdılaraq qarət olunmuş, 60 nəfər həbs edilərək İrəvana göndərilmiş, 200 nəfər Arazı keçmək istərkən çayda boğulmuşdur. Yerli əhalinin ciddi müqaviməti ilə qarışlaşan erməni hərbi hissəsi geri çəkilməyə məcbur olmuşdur.
1919-cu ilin 1-ci yarısında Naxçıvan mahalında həyata keçirilən ingilis və erməni idarəçiliyi zamanı da mahalın azərbaycanlı əhalisinə qarşı ağlasığmaz zorakılıqlar edilmişdir. Təxminən iki aylıq “erməni idarəçiliyi” (1919, may-iyul) müddətində yalnız Naxçıvan şəhərində 330-dək axtarış aparılmış, 600 nəfərə yaxın dinc sakin həbs olunmuş, təqribən 150 nəfərə isə dəhşətli işgəncələr verilmişdir. Bölgənin yerli əhalisinin “erməni idarəçiliyi”nə qarşı bir həftəlik üsyanın (19-25 iyul) uğurla nəticələnməsi, yəni daşnak silahlı dəstələrinin mahaldan çıxarılması yeni soyqırımların qarşısını almışdır.
Ermənilərin yürütdükləri “yandırılımış torpaq” - etnik təmizləmə siyasəti nəticəsində Naxçıvan mahalı 1918-1920-ci illərdə böyük qaçqınlar ordusu problemi ilə də üzləşmişdir. Bir tərəfdən ermənilərin İrəvan ətrafında və Zəngəzurdan qovduqları türk-müsəlman əhali Naxçıvana pənah gətirmiş, digər tərəfdən isə, Andronikin işğalı və “erməni idarəçiliyi” zamanı bölgənin xeyli yerli sakini Cənubi Azərbaycana üz tutmuşdur. Erməni hərbi hissələrinin Ordubad mahalına 1920-ci ilin martındakı hücumları da çoxsaylı dinc əhalinin qırılması ilə nəticələnmişdir.
Naxçıvan mahalının türk-müsəlman əhalisi Şimali Azərbaycan Rusiya tərəfindən yenidən işğal olunduqdan sonra, sovet hakimiyyətinin ilk vaxtlarında da ermənilərin törətdikləri soyqırımlarına məruz qalmışdır. Belə dəhşətli qırğınlardan biri 1920-ci ilin yay aylarında həyata keçirilmişdir. Erməni silahlı qüvvələrinin Zəngibasar-Vedibasar-Şahtaxtı-Şərur istiqamətindəki qanlı yürüşü zamanı həminərazilərin dinc əhalisinə qarşı törədilən vəhşilik və zorakılıqlara dair rəsmi araşdırma-təhqiqatlar aşağıdakı dəhşətli faciələri üzə çıxarmışdır:
Zəngabasarda 48 kənd tamamilə yandırılmış, 18 qız və gənc qadın əsir aparılmış, 400-dən çox uşaq, 150 qoca kişi və qadın öldürülmüş, 100 xəstə yandırılmış, 816 qaçqın Arazda boğulmuş, 160 min nəfər isə Cənubi Azərbaycana keçərək orada evsiz qalmışdır; Vedibasarda 118 kənd yandırılmış, 900 nəfər artilleriya atəşlərilə öldürülmüş, 6 qadın əsir aparlmış 300-dən artıq uşaq və qoca qətlə yetirilmişdir. Dərələyəzdə 74, Şərur və Şahtaxtıda isə 76 kənd yandırılmışdır. Şərurda 810 nəfər xəstə yatağındaca qətlə yetirilmiş, 144 qadın əsir götürülmüş, 72 nəfər top atəşilə məhv edilmiş, 150 qoca və qadın öldürülmüşdür. Şahtaxtıda isə 3 qadın əsir aparılmış, 35 uşaq, 14 qoca kişi, 8 qadın və 9 xəstə qətlə yetirilmişdir.
Bütövlükdə, 1918-21-ci illərdə erməni quldur dəstələri tərəfindən Naxçıvan bölgəsində 73727 nəfər türk-müsəlman əhalisi vəhşicəsinə qətlə yetirilmişdir.
Bütün bu mahallardan 50000 iri və xırda buynuzlu mal-qara aparılmış, onların 500 min nəfərlik əhalisi tamamilə yoxsul vəziyyətə salınmışdır. Kütləvi qırğın və talanlardan Cənubi Azərbaycana qaçanların 45 mindən çoxu aclıq və xəstəliklərdən tələf olmuşdur. Qaçqınların 70 mini Cənubi Azərbaycanda, 400 min nəfəri isə Naxçıvanda və onun ətrafındakı ərazilərdə yurdsuz-yuvasız qalmışdır.
1921-ci ilin yanvarında Naxçıvan əhalisinin referendum əsasında Azərbaycanın tərkibində qalmaq arzusunu qəti şəkildə bildirməsi, Moskva və Qars müqavilələri (1921) ilə diyara Azərbaycanın tərkibində muxtariyyət statusu verilməsi və Naxçıvan Muxtar Respublikasının yaradılması (1924) ilə bölgədə türk-müsəlmanların soyqırımına qismən son qoyulmuşdur. Lakin “Böyük Ermənistan” yaratmaq kimi sərsəm xülyalarla yaşayan erməni şovinistləri sonralar da bu siyasətdən əl çəkməmiş zaman-zaman bütün XX əsr boyu açıq və gizli şəkildə davam etdirmişlər (30-cu illərin qanlı repressiyaları, 40-50-ci və 80-ci illərdə azərbaycanlıların öz tarixi torpaqlarından – Qərbi Azərbaycandan kütləvi surətdə deportasiyası və s.). 1990-93-cü illərdə Ermənistanın Naxçıvan Muxtar Respublikasına silahlı təcavüzünün qarşısını almaq üçün qanlı döyüşlər getmiş, bu döyüşlərdə 362 nəfər azərbaycanlı şəhid olmuş, 500-ə yaxını yaralanmış, 1 kənd (Kərki) işğal olunmuş, 500-ə yaxın yaşayış evi, ictimai-inzibati bina, sosial obyektlər dağıdılmışdır.
